Cell-line authentication demystified

수강하는 수업들 중, lab수업이 있어서 관련된 논문을 하나 읽었다. 꽤 시간이 지난 논문이고, 내용도 간단하다. 하지만 난 더 아주아주 간단하게 정리해두었다.

 

 

Cell line authentication을 하지 않고 실험을 진행하는 경우, 많은 시간과 돈을 잃을 수 있다. 실제로 발행된 논문의 세포가 contaminatecontaminate 되었다는 일이 종종 있었다. 방광암 세포에서 떼어낸 KU7 cell line은 1984년 source institution에서 contamination이 있었고, 이는 KU7 base의 모든 실험에 영향을 미쳤다.

 

Standard

Cell line authentication을 의무화 하기 위한 여러 기준이 생겼다. 많은 journal과 grand-funding agencies는 authentication of cell lines를 요구하고있다. (NIH는 실험을 시작할 때, 그리고 publishpublish 하기 직전에 cell line authentication을 요구함) 이러한 기준은 완전히 없애지는 못해도 miss identification을 줄일 수 있을 것이라 예상된다.

Passaging

세포실험을 하는 것은 ‘passaging’‘passaging’ 과정을 반드시 동반하게 되는데, 오랫동안 컬쳐한 세포일수록 더 높은 확률로 genetic change를 얻을 수 있다. 같은 source에서받은 세포를 각각 다른 연구실에서 cultureculture 했을 때, 세포의 차이를 야기하고 결과적으로 같은 세포로 실험했지만, 이러한 세포를 이용해 실험한 결과를 비교하는 것은 어려울지도 모른다.

Short tandem repeats

STR(short tandem repeat) profiling은 cell authentication test의 주요 방법이다. 세포의 DNA를 분석하여 특정 염기서열이 반복적으로 있는 위치, 수를 분석해 cell을 identify 하는 것이다. 현재 80%이상 일치할 때 세포가 일치한다고 인정해주고 있다..

Mycoplasma

다른 많은 contamination은 세포를 죽이기 때문에, 감염 여부를 쉽게 알아차릴 수 있지만, Mycoplasma는 죽이지 않고 세포의 performance에 영향을 미친다. 15~35%의 세포가 cell culture 중mycoplasma에 감염된다고 한다. 각 연구실의 protocol에 따라 주기적으로 cell line contamination test를 시행하는 것을 추천한다.

Repositories

세포를 보관해주는 repositories가 존재한다. (현재 우리 학교에도 있다.) 더 이상 사용하지 않거나 오랫동안 사용하지 않을 세포를 repositories에 보내서 보관을 맡기는 것이다.

Gene editing

유전자가 조작된 세포실험이 많이 이뤄지고 있다.. 유전자 조작을 업체에 의뢰해서 받는 경우가 많은데, 이 경우에도 실험에 들어가기 전, authentication을 통해 내가 원하는 세포인지 확인하는 과정이 필요하다.

 

 

 

Reference

Marx, Vivien. "Cell-line authentication demystified." Nature methods 11.5 (2014): 483-488.